Sequenziamento e analisi del DNA genomico e del cDNA che codifica per il TNF-alfa nelle scimmie scoiattolo

L’esposizione transplacentare al cisplatino induce danni permanenti al    DNA mitocondriale e  genomico  fetale   nelle scimmie patas  .

Diverse scimmie Erythrocebus patas gravide sono state utilizzate in un precedente tentativo di modellare l’esposizione e la genotossicità al cisplatino transplacentare; la maggior parte degli animali è stata esposta alla fine della gestazione e le analisi dell’addotto cisplatino-DNA includevano solo il DNA genomico. Qui è stata determinata la formazione di addotti del DNA genomico e mitocondriale   nei feti di due scimmie gravide esposte alla fine del secondo trimestre di gravidanza. Più tessuti fetali sono stati ottenuti a dosi di 0,315 mg di cisplatino / kg di peso corporeo (totale 5,3 mg / m2) nei giorni 101 e 106 di gestazione.
I tagli cesarei sono stati eseguiti 24 ore dopo l’esposizione e 27 giorni dopo l’esposizione. Addotti genomici (g) -DNA del cisplatino sono stati osservati nelle ghiandole surrenali fetali, nel cervello, nel cuore, nei reni, nel fegato, nella pelle, nella milza e nel timo. Quando la placenta di due animali è stata divisa in quattro regioni concentriche a distanze crescenti dal   cordone ombelicale ed è stato determinato il g-DNA, i livelli di addotti di cisplatino al DNA erano simili in tutte e quattro le regioni.
Gli addotti mitocondriali (mt) -DNA erano superiori agli addotti del g-DNA nel fegato materno e fetale, nel cervello e nei reni, suggerendo che i mitocondri potrebbero essere un bersaglio specifico per la genotossicità del cisplatino. Lo studio mostra una significativa genotossicità fetale nel g-DNA e nel mt-DNA delle scimmie patas esposte al cisplatino nell’utero, suggerendo che anche feti umani esposti in modo simile possono subire danni al DNA indotti da farmaci.

Influenza    del DNA   – danno all’enediina C-1027 su SV40 intracellulare e    DNA genomico   nelle  cellule renali di scimmia   verde BSC-1

Questo studio descrive la capacità selettiva del C-1027 di indurre un danno limitato a doppio filamento nel DNA virale bersaglio. L’effetto dell’ambiente cellulare sull’attività di C-1027 è stato esaminato determinando l’entità e la   specificità del danno al DNA del virus scimmiesco 40 (SV40) in cellule di mammifero BSC-1 liticamente infettate e in preparazioni di DNA SV40 purificato   . Il danno C-1027 al DNA intracellulare SV40 è stato quantificato mediante analisi di conversione della forma topologica. A concentrazioni di C-1027 da 2 a 100 nM, è stata osservata una graduale diminuzione della forma intracellulare superavvolta I, accompagnata da un aumento della forma III, con una diminuzione del 50% della forma I a 50 nM. Anche il danno al DNA SV40 purificato è stato più pronunciato tra 10 e 100 nM C-1027.
con DNA purificato e intracellulare, l’analisi della digestione con enzimi di restrizione ha mostrato un danno a doppio filamento in molti siti specifici in tutto il genoma   , in particolare nella regione iniziale del genoma SV40 (ad esempio, nella grande sequenza codificante dell’antigene T).
Nessun danno significativo è stato osservato nelle regioni di origine (ORI) o di terminazione (TER) della replicazione di SV40. L’entità del danno C-1027 nel DNA delle cellule BSC-1 non infette è stata quantificata anche mediante elettroforesi su gel a campo di impulsi. A 0,1 nM (r = 2,8 x 10 (-5), dove l’incorporazione di timidina [3H] è stata ridotta dell’80%, sono stati rilevati 600 rad di danno equivalente in cellule BSC-1 non infette. A valori di C-1027 r che vanno da Da 1 x 10 (-4) a 40 x 10 (-4), le rotture a doppio filamento erano da 80 a 40 volte più frequenti nel DNA genomico di SV40 rispetto alla cellula BSC-1. inibiscono l’accumulo di DNA intracellulare di SV40 rispetto all’incorporazione di timidina [3H] in cellule BSC-1 non infette Pertanto, la sintesi del DNA di SV40 sembra essere meno sensibile ai cambiamenti indotti da C-1027 rispetto alla replicazione in cellule BSC-1 non infette.

Organizzazione genomica di sequenze a basso numero di copie associate al DNA     deca-satellite    nel    genoma della scimmia

Il segmento di DNA della scimmia verde africana precedentemente descritto (clonato nel fago lambda MkA) contiene una decasatelite collegata a sequenze di DNA che si stima si verifichino una volta per genoma. Le sequenze omologhe a sequenze a basso numero di copie in lambda MkA sono anche associate al DNA satellite specie-specifico nel genoma umano e del topo   . Il secondo clone, lambda Mk8, contiene una regione del DNA di scimmia che è collineare e omologa alla porzione a basso numero di copie della sequenza lambda MkA, ma manca di sequenze satellite   .
I due segmenti clonati differiscono in modo significativo, a partire da un punto vicino alla regione del DNA satellite in lambda MkA. Gli esperimenti di blotting del DNA indicano che lambda Mk8, ma non lambda MkA, rappresenta un’organizzazione genomica tipica e che i segmenti a basso numero di copie si verificano solo una volta per genoma aploide. I dati suggeriscono che riarrangiamenti come delezioni o inversioni nelle cellule di scimmia sono in parte responsabili della struttura lambda di MkA. Ulteriori riarrangiamenti possono essersi verificati durante la clonazione in E. coli. Questa regione cromosomica unica può essere particolarmente soggetta a ricombinazione.

Struttura parziale del gene della filossina dalla   rana scimmia gigante  Phyllomedusa bicolor: clonazione parallela del DNA del precursore c    e    del DNA genomico da       secrezioni cutanee liofilizzate.

Phyloxin è un nuovo prototipo di peptide antimicrobico dalla pelle bicolore di Phyllomedusa. Qui descriviamo l’identificazione parallela e il sequenziamento di un trascritto precursore della filossina (mRNA) e una struttura genica parziale (DNA genomico) dallo stesso campione di essudato cutaneo liofilizzato utilizzando la nostra tecnica di clonazione recentemente descritta.
  • Il frame di lettura aperto del precursore della filossina era identico nella sequenza nucleotidica a quella precedentemente descritta e l’allineamento con la sequenza nucleotidica derivata dal DNA genomico indicava la presenza di un introne di 175 bp situato in una posizione quasi identica a quella delle dermaseptine.
  • L’organizzazione strutturale altamente conservata   dei geni peptidici di secrezione cutanea in P. bicolor   può quindi essere estesa per includere il gene codificante la filossina (plx).
  • Questi dati rafforzano ulteriormente la nostra affermazione che l’applicazione della metodologia descritta può fornire solidi dati genomici / trascrittomici / peptidomici senza la necessità di uccidere i campioni.
Se una gamma di citochine e fattori di crescita che sono stati caratterizzati da cellule umane fosse testata in primati non umani, i risultati di tali approcci permetterebbero lo sviluppo di saggi per il rilevamento e la quantificazione delle citochine in modelli sperimentali. Il fattore di necrosi tumorale-alfa (TNF-alfa) è un’importante citochina pluripotente che svolge un ruolo chiave nella difesa dell’ospite. Finora non sono stati riportati dati molecolari completi per il TNF-alfa di scimmia scoiattolo. I primer della reazione a catena della polimerasi   (PCR) sono stati utilizzati per tracciare gli introni, confrontando le dimensioni dei prodotti ottenuti utilizzando cDNA e DNA genomico come modelli.

Genomic DNA - Human Diabetic Tissue: Brain, from a single donor

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Genomic DNA from Dementia: Brain: Thalamus, from a single donor

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Plant Genomic DNA Kit

20-abx098077 Abbexa
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Plant Genomic DNA Kit

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Animal Genomic DNA Kit

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Animal Genomic DNA Kit

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Genomic DNA Isolation Kit

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Genomic DNA Isolation Kit

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Genomic DNA - Human Male

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Genomic DNA Extraction Kit

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Soil Genomic DNA Kit

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Soil Genomic DNA Kit

K1411-50 Biovision 316 EUR

Insect Genomic DNA Kit

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Fungal Genomic DNA Kit

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Fungal Genomic DNA Kit

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Genomic DNA Isolation Kit

K281-50 Biovision 272 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain, from a single donor

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039Alz Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

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Genomic DNA from Dementia: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Dementia: Brain: Occipital Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Depression: Brain: Occipital Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Dementia: Brain: Parietal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Depression: Brain: Parietal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Pons, from a single donor

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Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Pons, from a single donor

D1236071Par Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Temporal Lobe, from a single donor

D1236078Dem Biochain 50 ug 446 EUR

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Thalamus, from a single donor

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Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Thalamus, from a single donor

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Genomic DNA Extraction and Purification

EP10012 Neuromics 100 Tests 505 EUR

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

FYG102-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

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Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant

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ISOLATE II Genomic DNA Kit

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Plant Genomic DNA extraction buffer

20-abx098075 Abbexa
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  • 100 ml
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Marine Animal Genomic DNA Kit

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FFPE Tissue Genomic DNA Kit

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Zenoquick Genomic DNA Purification Kit

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AccuRT Genomic DNA Removal Kit

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Genomic DNA - Guinea Pig Male

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Genomic DNA - Guinea Pig Female

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Bacterial Genomic DNA Isolation Kit

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100 BP DNA LADDER, 500UL PER KIT

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1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT

M-DNA-1KB CORNING 1/pk 70 EUR

Genomic DNA from Human Adult Normal Tissue: Brain, from a single donor

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Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Amygdala, from a single donor

D1236036Msc Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

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Genomic DNA from Progressive Supranuclear Palsy: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039PSP Biochain 50 ug 516 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Corpus Callosum, from a single donor

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Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Corpus Callosum, from a single donor

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Medulla oblongata, from a single donor

D1236057Alz Biochain 50 ug 446 EUR

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Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Parietal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Pons, from a single donor

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Genomic DNA from Progressive Supranuclear Palsy: Brain: Pons, from a single donor

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Postcentral Gyrus , from a single donor

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Precentral Gyrus , from a single donor

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Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Temporal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Thalamus, from a single donor

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SAA1, monkey (rhesus macaque)

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Rhesus Monkey Adipose Lysate           

21-266 ProSci 0.1 mg 390.5 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Progressive Supranuclear Palsy: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

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Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Medulla oblongata, from a single donor

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Rapid Fungal Genomic DNA Isolation Kit

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Easy3-Plant Genomic DNA Isolation Kit

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Fully CpG Methylated Human Genomic DNA

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Rapid Animal Genomic DNA Extraction Kit

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Genomic DNA Kit (No RNase A)

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Plant Tissue Genomic DNA Isolation Kit

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Mammalian Cell Genomic DNA Isolation Kit

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Non-sterile Rhesus monkey serum

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Monkey (Rhesus) cDNA Tissue: Thyroid

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Rabbit anti Rhesus Monkey IgG

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Rabbit anti Rhesus Monkey IgM

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Genomic DNA from Human Adult Normal Tissue: Brain, occipital lobe, from a single donor

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One-tube Plant Genomic DNA Extraction Kit

PT71816 Bio Basic 100preps 88.06 EUR

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PT71817 Bio Basic 500Preps, 500prep 202.25 EUR

Blood Genomic DNA Extraction Mini Kit (100prep)

FABGK-100 Favorgen 100 preps 165 EUR

Blood Genomic DNA Extraction Mini Kit (300prep)

FABGK-300 Favorgen 300 preps 266 EUR

FavorPrep Genomic DNA Clean-Up Kit (50prep)

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Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (50prep)

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Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (100prep)

FAPGK-001-1 Favorgen 100 preps 204 EUR

Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (200prep)

FAPGK-001-2 Favorgen 200 preps 274 EUR

Plant Genomic DNA Extraction Maxi Kit (10prep)

FAPGK-002 Favorgen 10 preps 201 EUR

Plant Genomic DNA Extraction Maxi Kit (24prep)

FAPGK-002-1 Favorgen 24 preps 317 EUR

Genomic DNA Extraction Mini KitBlood/Cultured Cells

FYG100-300P Yeastern Biotech 300 Preps Ask for price

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FYG101-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

gRazor, Genomic DNA Removal Enzyme Mix(5X)

R5800-100 GenDepot 100ul 300 EUR

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R5800-500 GenDepot 500ul 1144 EUR

Mouse Tail Genomic DNA Extraction Kit(250)

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5-min. Genomic DNA Prep for PCR

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One-Tube Bacteria Genomic DNA Isolation Kit

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One-4-All Genomic DNA Miniprep Kit

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One-4-All Genomic DNA Miniprep Kit

BS88505 Bio Basic 250preps 327.96 EUR

Blood Genomic DNA Kit (0.1-20 ml)

abx098074-For200mlBlood Abbexa For 200 ml Blood 356 EUR

Blood Genomic DNA Kit (0.1-20 ml)

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Blood Genomic DNA Kit (5-250 ul)

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Bacteria Genomic DNA Kit (No RNase A)

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Food and Fodder Security Genomic DNA Kit

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Plant Genomic DNA Kit(No RNase A)

20-abx098863 Abbexa
  • 384.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 200 rxns
  • 50 rxns

Blood Genomic DNA Kit (No RNase A)

20-abx098864 Abbexa
  • 384.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 200 rxns
  • 50 rxns

Blood Genomic DNA Kit (with Magnetic Stand)

abx098867-50rxns Abbexa 50 rxns 300 EUR

T-Pro Genomic DNA Midi Kit (20)

RB94-NGM020 T-Pro Biotechnology 20preps/kit 222 EUR

T-Pro Genomic DNA Mini Kit (100)

RB94-NGS100 T-Pro Biotechnology 100preps/kit 213 EUR

LumiPure genomic DNA from AnySample Kit, 50

21573 Lumiprobe 50 preps 108 EUR

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Heart

D1334122 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Kidney

D1334142 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Liver

D1334149 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Lung

D1334152 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Spleen

D1334246 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Stomach

D1334248 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Heart

D1434122 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Kidney

D1434142 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Liver

D1434149 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Lung

D1434152 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Stomach

D1434248 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Testis

D1434260 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Thymus

D1434264 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Plant Normal Tissue: Arabidopsis

D1634310 Biochain 10 ug 493 EUR

Genomic DNA from Plant Normal Tissue: Arabidopsis

D1634310-5 Biochain 5 ug 282 EUR

Genomic DNA from Plant Normal Tissue: Corn

D1634330 Biochain 10 ug 222 EUR

Genomic DNA from Plant Normal Tissue: Orange

D1634340 Biochain 10 ug 222 EUR

Genomic DNA from Plant Normal Tissue: Potato

D1634350 Biochain 10 ug 222 EUR

Genomic DNA from Plant Normal Tissue: Rice

D1634360 Biochain 10 ug 222 EUR

Genomic DNA from Plant Normal Tissue: Wheat

D1634390 Biochain 10 ug 222 EUR

FFPE Genomic DNA - Human Tumor Tissue: Breast

D2235086 Biochain 2 ug 821 EUR

FFPE Genomic DNA - Human Tumor Tissue: Colon

D2235090 Biochain 2 ug 821 EUR

FFPE Genomic DNA - Human Tumor Tissue: Lung

D2235152 Biochain 2 ug 821 EUR

FFPE Genomic DNA - Human Tumor Tissue: Pancreas

D2235188 Biochain 2 ug 821 EUR

FFPE Genomic DNA - Human Tumor Tissue: Stomach

D2235248 Biochain 2 ug 821 EUR

FFPE Genomic DNA - Human Tumor Tissue: Uterus

D2235274 Biochain 2 ug 821 EUR

96 Well Breast Tumor Genomic DNA Plate

D8235086-1 Biochain 1 plate 316 EUR

96 Well Colon Tumor Genomic DNA Plate

D8235090-1 Biochain 1 plate 316 EUR

96 Well Lung Tumor Genomic DNA Plate

D8235152-1 Biochain 1 plate 316 EUR

96 Well Stomach Tumor Genomic DNA Plate

D8235248-1 Biochain 1 plate 316 EUR

Blood genomic DNA extraction and purification kit

K1443-100 Biovision 479 EUR

Flt3-Ligand, CX3CL1, monkey (rhesus macaque)

RC224-16 Bio Basic 2ug 104.38 EUR

Rhesus monkey IgG solution ? 97% purity

RM60-0100 Equitech 100mg 1674.4 EUR

Rhesus monkey IgG solution ? 97% purity

RM60-0500 Equitech 500mg 6184.1 EUR

Rhesus monkey serum albumin lyophilized powder

RMSA62-0050 Equitech 50mg 1328.6 EUR

Rhesus monkey serum albumin lyophilized powder,

RMSA62-0100 Equitech 100mg 2060.5 EUR

Rhesus monkey IgG powder ? 97% purity

SLRM56-0050 Equitech 50mg 919.1 EUR
Il DNA genomico è costituito da quattro esoni e tre introni di 1793 nucleotidi. Il cDNA corrispondente è costituito da 702 nucleotidi e l’analisi filogenetica ha mostrato che Saimiri sciureus era più strettamente correlato al genere Aotus, i primati del Nuovo Mondo, rispetto ai primati del Vecchio Mondo (genere Macaca e Papio). La proteina TNF-alfa dedotta è composta da 233 aminoacidi che sono 82% identici agli esseri umani, il 95% alle scimmie del Nuovo Mondo e il 79% alle scimmie del Vecchio Mondo. Il cDNA di TNF-alfa clonato sarà utile per quantificare il TNF-alfa a livello di mRNA.

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